El Ayuntamiento de Barbadillo del Mercado ha promovido y financiado, junto con fondos procedentes de la Diputación de Burgos a partir de las ayudas a municipios para prospecciones y excavaciones arqueológicas de 2018, la primera fase del estudio histórico-arqueológico de la ermita de San Juan Bautista. Se trata de un monumento prerrománico localizado a los pies del monte del Gayubar, junto a la ribera del río Arlanza, del que hasta la fecha no constaban estudios en profundidad. El objeto de la investigación arqueológica es sentar las bases para la ulterior restauración, señalización y puesta en valor de un edificio singular que se enmarca dentro del antiguo alfoz de Lara, donde se produce una inusual concentración de edificios cultuales prerrománicos, como la ermita de Quintanilla de las Viñas, la iglesia de San Millán de Lara o San Pedro el Viejo en Hortigüela.
Los trabajos arqueológicos han sido realizados por el equipo burgalés Cronos S.C. Arqueología y Patrimonio, y han consistido en la realización de varios sondeos arqueológicos en el exterior del inmueble y la lectura de paramentos para identificar las distintas fases constructivas. Para ello, se ha realizado una restitución fotogramétrica previa y una modelización 3D. El objeto de esta primera campaña de intervención es rastrear la relación del edificio con un monasterio altomedieval y las fechas de su fundación a partir de la Arqueología, ya que la documentación no ofrece noticias explícitas en este sentido.

Uno de los rasgos más interesantes de esta primitiva iglesia, convertida en ermita en la Baja Edad Media (s. XIV-XV), es la puerta de arco de herradura conservada al norte, que estilísticamente es un hibridaje de rasgos visigodos y mozárabes que no han permitido concretar con certeza la cronología del primer edificio. El análisis de las fábricas realizado pone de relieve que es en el siglo IX cuando se edifica esta parte de los pies del templo, incluida la puerta de acceso, y en la centuria siguiente se realiza una ampliación de la nave y la cabecera. Esta cronología ha sido obtenida a partir de un novedoso análisis de los morteros que traban la sillería, cuya datación 14C enmarca el momento de fraguado y, por ende, de la construcción. Las técnicas constructivas utilizadas en ese momento han permitido obtener unos rasgos en el tratamiento de la piedra (origen, módulo, aparejo y labra) que servirán de base de comparación para otros edificios del panorama provincial y regional.