A veces, como acaba de suceder, es un desprendimiento de tierras el que recuerda que, bajo buena parte de la ladera del cerro del Castillo, se ubicó acaso la judería más importante Reino de Castilla (después de la de Toledo) durante varios siglos; no en vano, la presencia de una importante comunidad hebrea en Burgos está documentada desde el siglo XI. En otras, como alguna campaña de excavaciones en ese tesoro que es el cerro de la fortaleza, piezas de enorme valor han puesto al descubierta esa realidad que se mantiene oculta, por más que en sucesivas ocasiones se haya anunciado un plan director que se centre en desenterrar esa parte concreta del pasado de la ciudad. Han sido brindis al sol o tímidos intentos. Nunca se ha abordado seriamente.Y a fe que los políticos que van y vienen admiten que rescatar ese pasado se convertiría en un reclamo cultural y turístico más que añadir a la oferta de la ciudad.

En los años 90, en torno a la cabecera de la desaparecida iglesia de la Blanca, se halló un espacio destinado al almacenamiento de grano compuesto por varios silos, posteriormente colmatados y sellados. Dentro del relleno del único silo que fue excavado se descubrió un amplio conjunto cerámico correspondiente al menaje doméstico: objetos de almacenamiento de alimentos como jarras y cántaros; utensilios de cocina, entre las que se encontraron ollas, tapaderas, cazuelas... y de servicio de mesa como tazas, saleros, platos, escudillas... También se recuperaron restos de hanukiyot, consistentes en lámparas de aceite de nueve candiles para el ritual del culto judío de la fiesta de Hanuká y objetos de uso cotidiano como huchas, candiles, juguetes. Todas las piezas fueron datadas en los siglos XIII y XIV. 

La aljama de Burgos se ubicaba en la zona que hoy comprende parte del barrio de San Pedro de la Fuente, el Arco de San Martín y Los Cubos, si bien en sus orígenes estaba en la zona más alta, en un sector conocido como 'Villavieja', en el entorno de la iglesia de Santa María la Blanca. La expansión de la ciudad fue alejando a la comunidad hebrea de ese barrio, que se reubicaría un poco más abajo del cerro, en dirección al río. La arqueóloga e investigadora de la Universidad de Burgos Ana Isabel Ortega, que ha estudiado profusamente la presencia judía en Burgos, asegura que ésta alcanzó su apogeo en el siglo XIII, con una población de entre 540 y 675 habitantes, unas 150 familias, que representarían cerca del 9 por ciento de la población de la urbe castellana. «La aljama debió de poseer varias sinagogas, aunque las fuentes no proporcionen datos al respecto. De 1440 datan las referencias de una en la 'Villanueva', cerca de la puerta de San Martín», sostiene Ortega en un estudio editado por la Sociedad Estatal para la Acción Cultural Exterior bajo el título Memoria de Sefarad. Por su parte, el gran hebraísta mirandés Francisco Cantera Burgos siempre afirmó que una de las sinagogas más imortantes de la ciudad se asentó en la judería alta, esto es, en el solar en el que, tiempo después, se construyó la iglesia cristiana de la Blanca.

No todos los hebreos afincados en la ciudad gozaban de un alto nivel económico, explica Ortega. Claro que había banqueros o terratenientes (las fuentes documentales del siglo XI muestran a los judíos como propietarios de viñas), pero también artesanos de numerosos oficios. Con todo, fue una población muy activa, con una importante aportación en la vida cultural de la ciudad, sobre todo mientras no hubo segregación. El XIV fue negro para la comunidad judía de los reinos peninsulares, como anticipo  de lo que sucedería poco más tarde, cuando los Reyes Católicos firmaron su expulsión. 

«En Castilla, el conflicto social se materializa con la guerra civil entre Pedro I, apoyado por los judíos, y Enrique de Trastámara, aliado con la nobleza descontenta y con Francia, el Papado y Aragón. Enrique utilizó el tema judío como arma política, iniciando en 1355 una serie de asaltos a las juderías. En 1366, con el recrudecimiento de los motines antijudíos en plena contienda, exige a la aljama de Burgos la cantidad de un millón de maravedís, bajo la amenaza de convertir en esclavos a aquellos que no pagasen21. La victoria del Trastámara tuvo consecuencias catastróficas para el judaísmo castellano, que trajo la ruina y desmoralización a las aljamas y el triunfo de la intransigencia religiosa y social de la comunidad cristiana, que desembocó en la proliferación del asalto a las juderías en 1391. Tras estos acontecimientos, la aljama burgalesa va a experimentar un importante retroceso, como se deduce de los 700 maravadís que paga a la contribución de 147422, muy lejos de los 109.921 maravedís que pagaba a la corona en 129123. Esta aljama va a perder gran parte de su población, por muerte, emigración o conversión a la fe cristiana», explica la historiadora.

La segregación a que fueron sometidos en las ciudades, convirtiendo sus barrios en guetos, hizo que la presencia de los judíos fuera diluyéndose. Poco después llegó el remate, la puntilla, con el asedio al Castillo por parte de Fernando el Católico en 1475, «que representó un golpe definitivo para la aljama burgalesa, ya que tras la contienda el sector de la 'Villavieja' y de la iglesia de Santa María la Blanca quedó asolado irreversiblemente. Este sector tradicionalmente habitado por judíos pasó a ser habitado, a lo largo de los siglos XIV y XV, por una población conversa y cristiana, convirtiéndose en área marginal casi despoblada a lo largo del siglo XVI». La extinción definitiva de la presencia semita en Burgos y en toda Castilla se produjo a partir del 31 de marzo de 1492, cuando los Reyes Católicos firmaron en Granada el edicto de expulsión de los judíos. Sefarad, como la tradición hebrea denominaba a España, volvió otra vez al éxodo. Los judíos burgaleses que no se convirtieron al cristianismo salieron de la península por el puerto de Laredo. Algunos de los que sí lo hicieron terminaron siendo personalidades relevantes, caso Selemoh-Ha Leví, abino, poeta e historiador que, convertido en Pablo de Santamaría, terminó siendo consejero del rey Enrique III y llegó a convertirse en obispo de Cartagena y de Burgos.