Había sido hospital desde la Edad Media, habiendo dado asistencia a los peregrinos que llegaban a la ciudad, pero el edifico que llegó al verano de 1949 en la plaza de San Juan ya no ejercía como centro sanitario: era casa de vecindad y no se encontraba en demasiadas buenas condiciones. Nunca quedó claro del todo cual fue el origen, pero lo cierto es que el 14 de julio de hace 75 años se declaró un incendio en una de las viviendas ocupadas (quizás, se barajó entonces, pudo haber comenzado en la del practicante de la farmacia); un fuego que resultó, al cabo, tan voraz como letal para el histórico inmueble. No en vano, desde las primeras llamas, que se declararon a las siete de la tarde, no hubo posibilidad de respuesta, y eso que los bomberos acudieron prestos en cuanto se dio el aviso.
Sin embargo, estos se toparon con no pocas dificultades cuando llegaron al lugar de los hechos.La principal, la falta de agua y de presión, por cuyo motivo hubo que improvisar la colocación de una motobomba en el río Vena que, por fortuna, prestó un eficaz servicio al decir de las crónicas.Con todo, debido a la violencia del siniestro y a pesar de que fueron seis las bombas empleadas en sofocarlo, no pudo atajarse el fuego que, alimentando por el viento, se extendió con enorme rapidez al desván y al tejado del histórico edificio, convertido en un inmenso brasero que abarcaba toda su altura.
En un momento dado, la techumbre se hundió y las llamas se propagaron a los pisos inferiores, que comenzaron a arder como la pólvora. Desde el primer momento, muchas personas acudieron a colaborar en los trabajos de extinción -arriesgándose bastante- y en tratar de salvar muebles y ropas de las viviendas siniestradas, logrando hacerlo con la casi totalidad de los enseres a excepción de los que había en el domicilio del practicante de la farmacia, que tenía un complicado acceso.
No sólo hubo quienes echaron una mano: como en todo buen suceso que se precie, los curiosos y espectadores se arracimaron en torno a la catástrofe, eligiendo la ribera del río como estratégico punto para su contemplación, como lo acredita una de las fotografías de Fede.
Los bomberos y quienes llevaron a cabo las tareas de salvamento de los enseres de la botica, trasladaron estos a los almacenes municipales y en los locales de la parroquia de San Lesmes fueron depositados los muebles pertenecientes a la indicada farmacia.
Los vecinos que habitaban el edificio siniestrado fueron albergados de forma provisional en los centros de Acción Católica de la parroquia de San Lesmes, donde pasaron la primera noche socorridos con una cena que corrió a cargo del Consitorio.Las labores de extinción del fuego se prolongaron hasta la madrugada, ya que no resultó sencillo sofocar los numerosos focos que se repartían por todo el inmueble.
Hubo que lamentar un herido que debió ser atendido en la Casa de Socorro: se llama Pablo García, tenía 21 años, y era una de las personas que estuvo afanándose en los trabajos de evacuación de enseres del edificio siniestrado. Pudo haber sido mayor el susto si, como a punto estuvo de suceder, el fuego hubiera prendido los pináculos de madera con que estaba rematada la aneja construcción que había sido presidio. La rápida intervención de los bomberos evitó que esto acaeciera. Por si acaso, regaron de lo lindo todo el edificio anexo, que con el fuego nunca se sabe.
Un edifico emblemático. En su 'Breve historia del Hospital de San Juan', el historiador Félix Palomero explica la institución hospitalaria tuvo dos etapas claramente diferenciadas en su devenir histórico (que tiene su origen a la vez que el monasterio, hacia el siglo XI): desde 1479 a 1615 y a partir de esta última fecha hasta su desaparición. «En la primera podemos decir que se redujo a ser una institución de beneficencia que prestaba servicios a peregrinos, entendiendo la acepción en sentido amplio. Sin embargo todo cambiará con la bula de Paulo V. Ahora el antiguo hospital se va a dedicar a la curación y sanación de los enfermos.
El nuevo centro asistencial, siguiendo la labor sanitaria modernizadora de los grandes hospitales, acabará siendo un hospital que se dedica a sanar y curar a los enfermos utilizando las herramientas terapéuticas y quirúrgicas más avanzadas. Ello supuso un notable avance en el campo de la sanidad burgalesa y así permaneció hasta finales del siglo XVIII, momento de su primera desamortización.