Desde finales del siglo XVI se puso de moda en España tomar chocolate en jícaras, endulzado con azúcar de caña o miel. Tomado caliente en invierno y considerado una bebida, ganó tantos adeptos que hasta la iglesia declaraba que el chocolate, por ser un líquido, no rompía el ayuno. E incluso el historiador y escritor Antonio de León Pinelo escribió un tratado entero sobre este asunto considerando muy seriamente esta espinosa cuestión moral en la que trataba así sobre el ayuno: «…para cuya observancia tiene dispuesto que en veinte y cuatro horas, que son de media noche a media noche, se coma una sola vez a medio día, y…el chocolate tiene calidad esencial de bebida, y no quebranta el ayuno y se puede beber a todas horas y en la cantidad que la voluntad pidiere…» Si bien es cierto que se refería solo al chocolate preparado con agua y no con leche.

En el cabildo catedralicio la moda de tomar chocolate prendió entre los capitulares, y de una manera tan arraigada que la catedral contó con su propio cuarto del chocolate, lugar donde poder tomarlo tranquilamente entre misa y misa, o entre las horas del coro, sobre todo después de los laudes. Debieron de excederse en su ingesta, no solo en esta iglesia sino en todas las de los reinos castellanos, y además acompañaron el chocolate de otras menudencias más nutritivas, porque en 1681 el cabildo recibía una carta del nuncio y un edicto prohibiendo, bajo pena de excomunión mayor, y de otras censuras, el consumo de chocolate y de otras viandas en la iglesia, claustros y conventos, comprendiendo la prohibición a todos los que lo consumieran, bien fueran religiosos, seculares o seglares, de forma que cualquiera debía abstenerse de su consumo y prohibírselo a los demás.

A pesar de todo, es muy posible que se moderara el edicto o que quedara en el olvido, porque el chocolate se siguió consumiendo y en la catedral en el cuarto que hemos dicho. Estaba esta dependencia situada junto a la capilla de los Remedios (hoy del Cristo de Burgos) probablemente junto a las luces del patio al que se abría la trasera del palacio arzobispal y el antiguo claustro, y se encontraba también colindante con la denominada casa de la mesa de trucos, mesa donde los canónigos se entretenían con diversos juegos de mesa, valga la redundancia, y un rudimentario billar o juego similar, que dejó Cervantes descrito en sus Novelas Ejemplares. 

Pero volvamos al cuarto del chocolate, situado en la zona que en el siglo XX se dedicó a vestuarios de canónigos. En 1793 se modifica este espacio para poder tomar el chocolate tranquilamente, porque se compartía esta habitación para dar también explicaciones de moral, y pedía el fabriquero que se hicieran dos cuartos diferenciados y que se abriera una puerta desde la casa de la mesa de trucos para evitar que los criados de los capitulares atravesaran la capilla de los Remedios con las chocolateras, cuando era la hora, para servir a los canónigos, por considerar este tránsito por la capilla muy poco apropiado. A pesar de abrirse la puerta no se hace la sala para la explicación de moral y en 1818 nos encontramos a los canónigos tomando chocolate en la sacristía de Santa Tecla. Tenemos que señalar que el tomar chocolate iba también acompañado del inevitable tabaco, primero en forma de rapé, aspirado, y después fumado. Y de nuevo un canónigo, Eugenio Gómez Alfaro, pide que se busque otro sitio para tomar el chocolate, y evitar así los corros, el fumar y las tertulias, por estar en la sacristía de Santa Tecla los prebendados revestidos para asistir a las misas.

Contaba el cabildo con una vajilla de jícaras y mancerinas para tomar el chocolate, que de vez en cuando se reponía, pues la costumbre estaba tan arraigada que cuando las misas eran cantadas y los oficios largos, y los capitulares no podían ir a tomarlo a casa, se recurría a los criados con las chocolateras, al cuarto del chocolate y a la vajilla. Algunos, es de suponer que completamente adictos, llegaron a marcharse de coro para tomarlo, como el racionero Matías Montes, que se salió del coro durante la misa de memoria y perdió la residencia teniendo que empezarla de nuevo, esto es, seis meses que todos los que llegaban nuevos a la catedral tenían que cumplir de continuo, sin falta alguna, asistiendo al coro y a todas las misas que requiriesen su presencia.

Por culpa del chocolate fueron los criados de los capitulares incluidos en los reemplazos de milicias convocados en 1769 por el inspector de milicias Martín Álvarez de Sotomayor, y eso que el cabildo contaba con un indulto real para evitarlo. Pero este inspector consideraba que la tarea de llevar el chocolate a los canónigos no era propia ni de pajes ni de mayordomos, sino que era una tarea que les rebajaba de categoría y por eso debían entrar en los reemplazos. El argumento de la calidad de sus criados lo esgrimía el cabildo, por estar pajes y mayordomos exentos de los reemplazos.

El consumo de chocolate era tal que el cabildo compraba directamente a la Compañía Guipuzcoana de Caracas grandes cantidades. Esta Compañía, fundada en 28 de septiembre de 1728, contaba entre sus principales accionistas al consulado de San Sebastián y Felipe V; creada con carácter comercial, pero también defensivo y estratégico para proteger los intereses españoles en el Caribe, contaba con más de 85 buques hechos para el comercio y para la guerra, capaces de arrebatar a los holandeses el monopolio del comercio del cacao en Venezuela. Con patente de corso se dedicarán a apresar navíos ingleses, y traerán desde los puertos de la Guaira y Puerto Cabello, Maracaibo y Cumaná el cacao, tabaco y otros productos coloniales; dejarán la mitad de la carga en Sevilla y Cádiz, donde pagarán a la Real Hacienda, para terminar el viaje en el puerto de Pasajes. Desde Guipúzcoa partirán con vinos, aceite, herraje y clavazón, y harina y textiles de Europa a las colonias de ultramar. En 1742 la Compañía recibe en exclusiva el comercio con Venezuela y no será ajena al comercio de esclavos. 

Es en San Sebastián, en los almacenes de la Compañía,  donde el cabildo encarga su cacao y allí va a recogerlo, corriendo por su cuenta el traslado y transporte hasta Burgos. El cabildo solicita a la compañía en cada ocasión de 100 a 150 quintales de cacao (46,008 k. cada quintal), si bien en pocas ocasiones conseguía toda la cantidad, siendo más frecuente que percibiera unos 50 quintales una vez al año o cada dos, comprometiéndose la Compañía a proveer todo lo solicitado en el arribo del siguiente buque. Los directores de la Compañía Guipuzcoana autorizaban al cabildo, mediante una libranza o autorización, la retirada de cierta cantidad de sus almacenes de San Sebastián, siempre dependiendo de la demanda. En 1751 el cabildo se queja al marqués de la Ensenada de que solo se le ofrecen 1.500 libras, y cuando se le comunica que puede comprar el cacao en Cádiz a la Real Hacienda rehúsa por la distancia.

 En 1760 una libra (unos 453 gramos)  de cacao costaba 5 reales y 9 maravedís. La guerra con los ingleses (la llamada de la Oreja de Jenkins) entre 1739 y 1748, los temporales, como el de 1761 que hizo que el navío que transportaba el cacao tuviera que amarrar en un puerto distante, y la gran demanda, dificultaba mucho la llegada del producto y su reparto. En 1763 el cabildo escribía de nuevo a la Compañía solicitando sus 100 quintales de cacao, pero de nuevo no se puede atender su petición porque han perdido en la guerra 30.000 fanegas de cacao y a pesar de haber aprehendido dos barcos ingleses, no han podido vender nada en los puertos españoles.

Tan mal estaba la cosa que en 1763 el cabildo, que al fin se hace con 50 quintales,  pide que los que lo reciban no lo repartan con nadie más, y que lo devuelvan si no lo quieren. Finalmente en 1764 llega una remesa de 100 quintales a un precio de 44 pesos el quintal. En 1768 vuelve el cabildo a quedarse sin su preciado cacao, porque el navío Nuestra Señora de los Dolores llega a puerto con poca carga y ésta es casi toda para la Real Compañía de San Carlos, por lo que no queda nada en los almacenes de San Sebastián. En 1769 llega un navío con 8.400 fanegas de cacao, pero 6.400 son para particulares y el resto quedan para el almacén de la Compañía.

La forma de repartir el cacao en la Catedral cuando el cabildo recibía al menos los 100 o 150 quintales era la siguiente: Se daban ocho moliendas (teniendo en cuenta que cada molienda eran unas 30 libras de cacao) a cada una de las dignidades capitulares, a los canónigos y a los denominados racioneros antiguos, cuatro moliendas a los sochantres, dos moliendas a los maestros de ceremonias, tres a cada uno de los denominados racioneros nuevos, y dos a cada capellán del número (siendo estos en número variable unos 40), cuatro moliendas al secretario capitular, tres o cuatro al secretario seglar, otras tres al médico del cabildo, cuatro al mayordomo, y si aún había suficiente se repartía también a los oficiales de la mayordomía y contaduría, la capilla de los Condestables solía percibir cuatro quintales.

Se repartía el cacao en la capilla de Santa Tecla y era tan preciado que se cribaba con cuidado para evitar las mermas en el producto, aprovechando hasta el polvo. Cuando no había cacao bastante había protestas y quejas de los que no llegaban a recibirlo, y en 1770 sochantres y maestros de ceremonias rezongan porque no se les entrega lo que suele dárseles. Cuanta más jerarquía más cantidad. 

Ni que decir tiene que el cacao, como producto exquisito y de moda, era también entregado como regalo. Pequeñas cantidades se ofrecieron al abad de Foncea en 1709, mientras se ocupaba de los asuntos del cabildo en Madrid, al prior de San Agustín en 1723 por predicar en las honras fúnebres del arzobispo Manuel Francisco Navarrete o al confesor que asistía en la Cuaresma o en Navidad, a quién en 1769 se obsequia con una molienda entera. Se gratificaba con él a oficiales, como a Antonio de Retes, al que se da una arroba para que despache pronto un pleito con Las Huelgas, o a Jacinto de Covarrubias, mayordomo de Salas de los Infantes por traer unas partidas de dinero. El chocolate, caliente y en taza, se servía también en los toros, a los que asistían los miembros capitulares desde los balcones cedidos en la Plaza Mayor. El 21 de enero de 1701 con motivo del recibimiento de Felipe V se celebra una fiesta de toros y se lleva para contento de todos los asistentes, chocolate caliente, agua de canela y una libra de dulces, de las que dieron buena cuenta.

El 10 de marzo de 1785 deja de existir definitivamente la Compañía Guipuzcoana de Caracas, después de 272 viajes, pasando el comercio a la Compañía de Filipinas. El cabildo continúa con el consumo de cacao pero en el s. XIX ya no tenemos constancia de la compra a esta otra compañía, probablemente se aprovisionó de los comercios chocolateros que fueron floreciendo, como la cerería y fábrica de chocolate de Pío de la Morena, en la que las máquinas a vapor comenzaron a cambiar la elaboración del chocolate. Poco a poco, aunque el consumo de chocolate en taza siguió siendo importante, se presentan nuevas formas de tomarlo, aparecen las primeras tabletas y bombones, y finalmente el cuarto del chocolate queda convertido en vestuario y se pierde definitivamente el aroma de las chocolateras portadas por los criados.