El antiguo Hospital Militar supone para la Universidad de Burgos un lugar privilegiado para albergar los estudios de Medicina, ya sea el grado como tal o una facultad creada al efecto, dependiendo de lo que finalmente se decida en este aspecto académico. De hecho, trabaja ya en el estudio de las distintas dependencias del complejo que aún se encuentran cerradas y, por tanto, sin adecentar para la función docente, así como en las estimaciones económicas que conllevaría su reforma y sus alternativas de uso. La opción final dependerá de la financiación que llegue de la Junta.
Los dos edificios históricos con acceso desde el paseo de los Comendadores se convierten el objeto principal de atención para la institución académica. Se encuentran cerrados desde el año 2000, ocupan una superficie total de 3.000 metros cuadrados y requieren de una profunda restauración, lo que dispara su presupuesto hasta los 7,5 millones de euros, según los cálculos iniciales. Considera que son numerosas las posibilidades que ofrecen en lo que respecta a su adecuación como aulas, despachos, servicios administrativos o zonas comunes, con la ventaja de que presentan una «estructura adecuada» para este fin debido a que «no existen pilares en medio».
El más cercano al centro sociosanitario Graciliano Urbaneja dispone de 1.300 metros y antiguamente estaba íntegramente dedicado a uso administrativo, mientras que el siguiente se conocía como 'los tribunales' por contar en su planta baja con los despachos médicos en los que se evaluaba a los jóvenes llamados a cumplir el servicio militar obligatorio. El piso superior se repartía en dos viviendas para mandos y también dispone de un sótano. Ambos se encuentran unidos por una antigua puerta de carruajes. La intención de la UBU pasa por mantener esa entrada como acceso principal a los dos edificios y abierto al paseo de los Comendadores y al interior del recinto, bajo un concepto similar al del Hospital del Rey, distribuyéndose desde ese punto las distintas dependencias académicas. De llevarse a cabo esta idea, muestra su confianza en el Ayuntamiento para que urbanice la citada calle.
El equipo de Gobierno, con el rector, Manuel Pérez Mateos, al frente, ve estas dependencias como las «más adecuadas» para albergar la nueva titulación, si bien reconoce que la decisión final está condicionada a la financiación que destine el Gobierno autonómico para implantar el grado. En este sentido, deja en un segundo plano la premura de los plazos para su puesta en marcha, prevista para septiembre de 2026, al considerar que su rehabilitación «puede llevarse a cabo por fases» y que este curso se ha puesto en funcionamiento un nuevo aulario que podría dar cobertura a los primeros estudiantes de Medicina.
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