Así lo establece el acuerdo firmado entre la Fundación Paleontológica Emiliano Aguirre (FPEA) y la Fundación Atapuerca (FA). La institución con sede en Ibeas se compromete a custodiar, conservar y gestionar el fondo documental del 'padre' del proyecto Atapuerca durante 15 años prorrogables por periodos iguales. La Fundación Atapuerca ordenará y clasificará el legado en los próximos 5 años, para lo que tiene intención de crear una beca en 2019. El fondo corresponde al archivo de la biblioteca personal del científico, los documentos en poder del Museo Nacional de Ciencias Naturales de Madrid y el Aula Emiliano Aguirre de Ibeas, inactivo desde hace años. Lo componen más de 200 metros lineales de documentos vinculados, principalmente, a los 40 años que cumple el proyecto Atapuerca.