La excavación previa a la instalación del arco de cerezo de Río de Tirón en el monasterio de San Juan ha permitido sacar a la luz una necrópolis de la Plena Edad Media (a partir del siglo XI). Durante los trabajos han aparecido restos de varios individuos, aunque únicamente huesos sin ningún otro elemento material, ni siquiera las agujas con las que se prendía los sudarios, que permita afinar su datación.

La necrópolis en la que se han identificado media docena de tumbas, posiblemente abiertas en épocas anteriores y reutilizadas, está atravesada por una tubería de fibrocemento de los años 50 o 60 del siglo pasado.

Algunos individuos están enterrados de oeste a este, según las creencias cristianas, y otros han aparecido apilados de norte a sur por lo que podrían corresponderse con personas fallecidas durante una epidemia en la ciudad, peste o similar.

El cementerio estaría situado en el exterior de el primigenio monasterio de San Juan, construido en el siglo XI, y justo al lado del camino de Santiago, extramuros del Burgos medieval.