No corrían buenos tiempos para la Farmacia Militar antes de la llegada de la pandemia. A las instalaciones del barrio de Fuentecillas le quedaban pocos años de vida, según los planes del Ministerio de Defensa, pero la crisis sanitaria del coronavirus relanzó su actividad en el año 2020 con la fabricación de mascarillas, un encargo que permitió al centro de producción burgalés encarar el futuro con más optimismo. Su envejecida plantilla rejuveneció y creció hasta los 37 trabajadores. Sin embargo, la Inspección General de Sanidad de Defensa dio la orden de paralizar la producción de tapabocas en las instalaciones de Fuentecillas, por lo que la Farmacia se ha visto obligada prescindir de los trabajadores eventuales. Entre personal civil y militar en el centro trabajan ahora 21 personas. 

¿Esto quiere decir que el Ministerio va a prescindir de este centro? Por el momento parece que no. El Gobierno central ha contestado de manera muy escueta a una pregunta de los senadores del PP de Burgos, a quienes preocupa el futuro de este centro de producción. En la contestación, el Ejecutivo afirma que «el Centro Militar de Farmacia de Burgos tiene previsto continuar con la actividad ordinaria de fabricación en función de los criterios definidos por la Inspección General de Sanidad para satisfacer las necesidades de Defensa».

El futuro de la Farmacia Militar se vio seriamente amenazado cuando en el año 2011 el Ministerio anunció la construcción de un gran complejo en Colmenar Viejo, que iba a centralizar la producción de las instalaciones repartidas entre Madrid, Burgos (especializado en comprimidos y pomadas) y Córdoba (inyectables y sueros).

En aquel entonces se dio por hecho que las 'sucursales' de las provincias desaparecerían, alegando una evidente economía de medios humanos y materiales. De hecho, había tres líneas de comprimidos en Burgos y dos de ellas se trasladaron a Madrid nada más ponerse en marcha el centro de Colmenar. Y en 2015 los trabajadores vaticinaban que como mucho les quedaría una década en el paseo de Fuentecillas. Todo indica que aquellas pesimistas previsiones no se van a cumplir, al menos por el momento.

Hay que recordar que en 2020 llegaba una nueva máquina a la Farmacia Militar de Burgos capaz de producir 17.000 mascarillas diarias en el contexto de la covid-19. Ahora se ha detenido su uso pero no se descarta que vuelva a ser preciso que se ponga en marcha.