El temporal de lluvias fue tan violento que el Arlanzón, aún no encauzado, se mostró incontinente. La fuerza de las aguas, que alcanzaron los dos metros sobre el cauce, provocó que el viejo puente de Malatos quedara destrozado. Así arrancó el nuevo siglo en Burgos. Era el invierno de 1900. La crecida originó que la estructura del puente registrara una grieta que hizo que se encendieran todas las alarmas. Analizada por técnicos municipales, se decidió en un primer momento prohibir cruzar por este histórico paso aunque con ello se quedaran aislados los barrios de Las Huelgas, San Pedro, Hospital del Rey y Villalón; poco después, esta restricción se limitó exclusivamente a las caballerías y carruajes. Sin embargo, los guardias encargados de custodiar los accesos vieron que la hendidura en la piedra se había ensanchado, con lo que el riesgo de un posible hundimiento era mayor. Para cuando quiso intervenirse, el pilar que se asentaba entre el segundo y el tercer arco ya se había venido abajo.
Sucedía que a lo largo del puente corría la tubería que abastecía de agua potable al Hospital Militar, que se rompió con la ruina de la estructura, quedando el centro sanitario privado de tan fundamental servicio durante muchas semanas. La rotura de este paso esencial del oeste de la ciudad reabrió el debate sobre la necesidad de que se construyera otro a la altura de la plaza de Castilla, también llamada entonces de Trascorrales, amén de otra lluvia (esta de críticas feroces) contra el Consistorio capitalino, toda vez que se puso de manifiesto que el puente de Malatos no había sido sometido a mejora alguna desde los tiempos de Fernando VII. Sobre la dañada estructura, y hasta que rehabilitación completa del puente, se tendió un paso provisional de madera.

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